Фильм "Дюна: Часть вторая" вызвал противоречивые реакции у зрителей, некоторые из которых остались разочарованными, а остальные — в полном восторге, однако это не отменяет того факта, что в фильме были замечены серьёзные расхождения с книгой и киноляпы.
Читавшие роман зрители задались вопросом, почему Фейд-Раут, который в книге был всего лишь жестоким и умным интриганом, в фильме получился абсолютным воплощением зла — зверствующим садистом, жаждущим крови.
В отличие от фильма, с бароном Харконненом расправилась младшая сестра персонажа Тимоти Шаламе.
Астрофизик Нил Дерасс Тайсон отметил киноляп с песчаными червями в фильме. На самом деле черви не смогли бы услышать звук через песок, а также быстро ползти и при этом не извиваться. В то же время астрофизик допустил, что в фантастическом произведении и черви могли вести себя не совсем как в реальном мире, на то это и фантастика.